O Flamengo não vai disputar a Copa São Paulo de Futebol Júnior em 2020. Em nota oficial, o clube explicou que a decisão se deve ao histórico desempenho do time profissional na temporada 2019, que fez com que o calendário de jogos se estendesse até o final de dezembro. De acordo com o Flamengo, a final do Mundial de Clubes da Fifa, no dia 21 de dezembro, fez com que as férias dos jogadores profissionais só se encerrem no final de janeiro. Assim, o clube vai precisar contar com grande parte do elenco da categoria Sub-20, antes inscritos na Copa São Paulo, para os primeiros jogos da Taça Guanabara, cujo início se dará em meados de janeiro. Além desse fato, seis jogadores inscritos na Copinha sofreram lesões que os impedem de jogar o torneio.
O Flamengo ainda solicitou junto à Federação Paulista de Futebol (FPF) alterar a lista dos jogadores já inscritos na Copinha, mas o pedido foi negado.
Esta desistência, segundo o regulamento da competição, deve gerar uma multa de R$ 20 mil e pode tirar o clube do torneio nos próximos cinco anos.